Akhundzada sinh năm 1961 tại huyện Panjwayi của tỉnh Kandahar, Vương quốc Afghanistan.[1] Là một người Pashtun, ông thuộc gia tộc hoặc bộ lạc Noorzai.[1] Tên đầu tiên của ông, Hibatullah - thường được dùng làm tên con gái - có nghĩa là "món quà từ Allah" trong tiếng Ả Rập.[1][5] Cha của ông, Mullah Mohammad Akhund, là một học giả tôn giáo cũng như là imam của nhà thờ Hồi giáo trong làng của họ.[6] Không sở hữu bất kỳ mảnh đất hay vườn cây ăn trái nào của riêng mình, gia đình Akhundzada phụ thuộc vào những gì hội thánh trả cho người cha bằng tiền mặt hoặc một phần hoa màu của họ. Akhundzada đã học theo cha mình. Gia đình di cư đến Quetta sau cuộc xâm lược của Liên Xô và Akhundzada tiếp tục việc học tập của mình tại một trong những trường dòng đầu tiên được thành lập ở khu Sarnan.